国庫帰属の法定費用には、
・申請時の「審査手数料」（1筆14,000円）
・承認後に納付する「負担金」（最低20万円〜）
の2つがあり、全国一律で定められています。

しかし実務上は、書類取得費や交通費などの実費に加え、申請要件を満たすための「補正費用」（建物解体、境界復元、伐採、残置物撤去など）が発生します。
特に、これら土地状態に応じた補正費用や専門家への依頼報酬が、
最終的な総額を大きく左右します。

審査手数料は、１筆あたり14,000円の収入印紙で納付し、申請取り下げや不承認となっても返還されません。
承認後に払う負担金は、１０年分の標準的な管理費用に相当し、最低20万円～です。

法務局が土地の現況に基づき、「宅地・農用地・森林・その他」の４区分に分類して金額を算定します。

区分判定には、財務省や農水省への意見照会も含まれるため複数機関の見解が関与し、申請前に負担金額を正確に予測することは困難とされています。

負担金は「その他（雑種地・原野等）」が一律20万円、
「宅地」「農用地」は原則20万円ですが、市街化区域や農用地区域等の例外に該当すると面積に応じて高額化し、「森林」は常に面積算定となります。
最終的な負担金額は、審査後に確定するため想定より跳ね上がるリスクがあります。

納付期限は承認通知を受けた翌日から30日以内であり、
期限内に日本銀行窓口等で納付しないと承認が取り消されるため注意が必要です。

不承認要件を回避するための補正費用が総額を左右します。主な費用目安として、
・建物の解体費（木造5〜6万円/坪等）
・境界確定費（40〜50万円〜）
・樹木伐採や竹林の伐根費（数十万〜100万円超）
・残置物撤去費（数万〜20万円）などが挙げられます。

さらに遠隔地への往復交通費や宿泊費、市役所での資料取得費、専門家（行政書士等）への報酬（20〜30万円前後）など見落としやすい実費も事前に把握しておく必要があります。

自力申請は実費のみで総費用を抑えられますが、現地調査の失敗や資料不足による
再訪、事前相談での誤説明など不承認リスクが高まります。

一方、弁護士・司法書士・行政書士といった専門家に依頼する場合（報酬20〜30万円程度）、調査や申請、法務局対応を代行してもらえます。

現地で土地の特定や不承認リスクを正しく見極める必要があるため、
法律知識だけでなく不動産実務や現地調査に長けた専門家選びが重要です。